Всі фунгіциди для обробки рослин поділяють на захисні та лікувальні.
Фунгіциди відрізняються також своїми системними властивостями. Фунгіциди системної дії легко проникають у середину рослин, рухаючись по судинах і проникаючи у всі частини, тим самим захищаючи новий приріст, який з’явився після обробки. Основні переваги системних фунгіцидів: проникають у середину рослин за дуже короткий час; не змиваються водою (навіть, якщо дощ починається через півгодини після обробки); видаляють патогени у всіх тканинах (навіть, якщо вони не були оброблені). Натомість, контактні фунгіциди захищають тільки ті частини рослин, на які вони потрапили. Фунгіциди системної дії в багатьох випадках мають і захисну, і лікувальну дію, а контактні – лише захисну.